Limonun faydaları kadar yanlış tüketiminde zararları da olabilir. o nedenle tüketmeden önce bunların bilincinde olmak önemlidir.
Kişi sık sık ve fazla tüketirse limonun asidik yapısından dolayı dişlerde aşırı hassasiyet ve diş çürükleri yaşayabilir.Diş çürümesini yavaşlatmanın bazı yolları, limonun dişlere doğrudan temas etmesini önlemek için limon suyu içmek ve bunun için pipet kullanmak, tükettikten sonra dişleri fırçalamaktan kaçınmak ve yanında bol miktarda su içmektir.
Turunçgiller sıklıkla migren ve baş ağrılarını tetikler. Bunun nedeni limonların sıklıkla baş ağrısına neden olan doğal bir monoamin olan tiramin üretmesi olabilir.
Eğer aşırı baş ağrısı yaşayan biriyseniz limon tüketiminizi azaltmanız tavsiye edilir. Kanıtlanmış kesin bir bağlantı yoktur ancak çalışmalar turunçgil tüketimi ile migren arasında bir bağlantı olduğunu göstermiştir. Çok fazla limon gibi narenciye tüketen kişiler sıklıkla mide-bağırsak sorunları, mide yanması, asit reflü, mide bulantısı ve kusma gibi sorunlar yaşayabilirler.
Bu nedenle herhangi bir semptomla karşılaştığınızda limon tüketmeden önce mutlaka doktorunuza danışmalısınız. Gastroözofageal reflü hastalığı (GERD) olan kişiler aşırı limon tüketiminden kaçınmalıdır.
Aft veya ağız ülserleri ağızda gelişen bulaşıcı olmayan, ağrılı, küçük lezyonlardır. Narenciye meyvelerinin ağız ülserlerine neden olduğu bilinmektedir. Limon tüketmeden önce ağız ülserlerinin tamamen iyileşmesini beklemeniz daha da kötüleşmesinin önüne geçmek adına önemlidir. Limon suyu, cilde uygulandığında hassas ciltlerde tahrişe neden olabilir.