Oynanan rövanş maçlarının sonunda Trabzonspor, Elfsborg (İsveç), Molde (Norveç), Braga (Portekiz), Ajax (Hollanda), Cercle Brugge (Belçika), Rijeka (Hırvatistan), Panathinaikos (Yunanistan) ve Rapid Wien (Avusturya) tur atladı.
Rövanş maçlarında şu sonuçlar alındı:
Trabzonspor-Ruzomberok: 1-0 (2-0)
Vojvodina-Ajax: 1-3 (0-1)
Cercle Brugge-Kilmarnock: 1-0 (1-1)
M.Petah Tikva-Braga: 0-5 (0-2)
Rapid Wien-Wisla Krakow: 6-1 (2-1)
Silkeborg-Molde: 3-2 (1-3)
Rijeka-Corvinul: 1-0 (0-0)
Elfsborg-Sheriff: 2-0 (1-0)
Botev Plovdiv-Panathinaikos: 0-4 (1-2)
Not: İlk maçlarda alınan sonuçlar parantez içinde gösterilmiştir.