17 Mayıs 2006'da Danıştay İkinci Dairesi'ne silahlı saldırı düzenleyen avukat Alparslan Arslan’ın cezaevinde yaşamını yitirdiği öğrenildi. Maltepe Ceazevi’nde yatan Arslan’ın kintihar ettiği iddia edildi.
Alparslan Arslan’ın cezaevinde intihar ettiği iddiaları üzerine Baba İdris Arslan yaptığı açıklamada, "Oğlum intihar etmedi, öldürüldü” dedi.
İktidara yakın Superhaber’den Mevlüt Yüksel’in haberine göre, Arslan açıklamasının devamında, "Bu gece saat 23:00 sıralarında Silivri’de yaşayan kızım cezaevinden aranmış ve oğlunun intihar ettiği söylenmiş. Ben bunun üzerine Kartal Lütfi Kırdar Eğitim ve Araştırma Hastanesi morguna gittim. Burada oğlumun cenazesinin Adli Tıp Kurumu’na götüreceklerini öğrendim. Ben oğlumun intihar ettiğine inanmıyorum. Bana göre oğlum öldürüldü. Parçalarını birleştirdiğimde ben bunun gerçek olduğuna inanıyorum. Bundan önce birçok kez, her yere başvurarak oğlumun suçsuz olduğunu anlatmaya çalıştım. Ama sesimi kimseye duyuramadım. Biz Alparslan Arslan’ın tahliyesini beklerken ölümünü öğrendik. Cenazeyi nereye defnedeceğimize henüz karar vermedik” ifadelerini kullandı.
Alparslan Arslan'ın cezaevinde ölümüne ilişkin resmi makamlardan henüz bir açıklama gelmedi.
Arslan, dönemin Danıştay 2. Dairesi Başkanı Mustafa Birden, üyeler Ayla Gönenç, Mustafa Yücel Özbilgin, Ayfer Özdemir ve Kamuran Erbuğa'dan oluşan 5 kişilik heyetin toplantısı sırasında müzakere salonuna girerek ateş açmıştı. Üye Mustafa Yücel Özbilgin'in ölümü, diğer üyelerin yaralanmasıyla sonuçlanan saldırıdan sonra kaçmaya çalışan Alparslan Arslan, Danıştay binası içinde yakalanmıştı. Arslan polise ve savcılıkta verdiği ifadesinde, saldırıyı başörtüsü kararı nedeniyle tek başına düzenlediğini söylemişti.
Saldırıya ilişkin dava, FETÖ tarafından kumpas olarak hazırlanan “Ergenekon örgütü” tarafından azmettirildiği iddiaları üzerine daha sonra “Ergenekon” davasıyla birleştirilmiş ve Arslan'ın İstanbul'daki davada tekrar yargılanmaya başlanmıştı. Arslan, 5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon kumpas davasında iki kez ağırlaştırılmış müebbet ve ayrıca 90 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. 25 Kasım 2020’de ise Yargıtay 16. Ceza Dairesi, Alparslan Arslan’a verilen “Ağırlaştırılmış müebbet" ve 72 yıl hapis cezasını onadı.