Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edilen düzenlemeler arasında Cumhurbaşkanı'nın rektör atama yetkisi ve Merkez Bankası Başkanı'nı görev süresi dolmadan görevden alma yetkisi de yer aldı. Anayasa Mahkemesi, bu maddelerin iptaline gerekçe olarak bu düzenlemelerin KHK ile yapılamayacağını gösterdi. İptal kararı 12 ay sonra yürürlüğe girecek ve TBMM, bu süre zarfında yeni yasal düzenlemeler yapmak durumunda kalacak.
Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi, 16 Nisan 2017'de yapılan referandum ile hayata geçmişti. 2018 tarihli anayasaya uyum amacıyla çıkarılan 703 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'de yapılan düzenlemelerin iptal edilmesi ile ilgili gerekçeli karar Resmî Gazete'de yayımlandı.
CHP, KHK'nın bazı maddelerinin iptali için başvuru yapmıştı
703 sayılı Kanun Hükmünde Kararname, yeni sisteme uyum için devlet birimlerinin yeni sisteme göre uyumlandırılmaları için çıkarılmıştı. Bu değişiklikler ile birlikte Bakanlar Kurulu yerine Kabine denmeye başlanırken Başbakan'ın yetkilerine ilişkin ifadeler de Cumhurbaşkanı olarak değiştirilmişti. Öte yandan bu uyum düzenlemelerinin yanında bazı kanun değişiklikleri de yapılmıştı.
Anayasa Mahkemesi, cumhurbaşkanının rektör atama yetkisini esastan bozmasa da düzenlemenin KHK ile yapıldığını belirtti ve usul yönünden düzenlemenin iptaline karar verdi. AYM ayrıca YÖK'ün 7 üyesinin Üniversitelerarası Kurul tarafından belirlenmesinin ardından cumhurbaşkanı tarafından atanması koşulunu da KHK ile düzenlenemeyeceği gerekçesiyle iptal etti.
Konuyla ilgili olarak sosyal medyadan açıklama yapan Cumhurbaşkanlığı Hukuk Politikaları Başkanvekili Mehmet Uçum, yetkilerin iptal edilmediğini ifade ederken şu açıklamaları da ekledi:
"Ayrıca rektörler ve merkez bankası başkanı konusunda verilen iptaller konu bakımından (KHK ile değil kanunla düzenleme olması gerektiği gerekçesiyle) yapılmış olup esas bakımından bir iptal yoktur. Yani AYM Cumhurbaşkanı'nın rektör atama ve Merkez Bankası başkanını atama/görevden alma yetkisini iptal etmemiştir. Cumhurbaşkanının yetkileri 3 sayılı CBK'da (Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi) aynen devam ediyor."Ayrıca iptallerin yürürlüğe girmesi için 12 ay süre verilmiştir. Bu süre içerisinde TBMM’nin kanun gerektiren düzenlemeleri yapacağı da öngürülmelidir. Öte yandan Cumhurbaşkanının rektör atama yetkisi zaten iptal edilemez. Çünkü yetki Anayasadan doğuyor."Anayasa Madde 130 ….. Kanunun belirlediği usul ve esaslara göre; rektörler Cumhurbaşkanınca, dekanlar ise Yükseköğretim Kurulunca seçilir ve atanır.”