Yargıtay'ın bozma kararının ardından, emekli orgeneraller Orhan Yöney ve Şükrü Sarıışık ile dönemin Yükseköğretim Kurulu (YÖK) Başkanı Prof. Dr. Halil Kemal Gürüz'ün de aralarında bulunduğu 16 sanığın Ankara 5'inci Ağır Ceza Mahkemesi'nde yeniden yargılanmasına devam edildi.
Duruşmaya bazı sanıklar ile avukatları katıldı. Mahkeme başkanı, dava dosyasına gelen evrakı okuduktan sonra savcıya söz verdi. Savcı, sanıkların önceki celselerdeki, 'dava dosyasındaki bazı belgelere imza ve isimlerin sonradan eklenip eklenmediğinin tespiti' talebinin dikkate alınarak, dosyanın Adli Tıp Kurumu (ATK) Başkanlığı'na gönderilmesini ve görüş alınmasını istedi. Bazı sanık avukatları da esasa ilişkin savunmaların alınmasına geçilmeden önce dosyadaki delillerin ATK tarafından değerlendirmesini talep etti. Beyanların ardından ara karar açıklayan mahkeme, savcının ve avukatların talebini yerinde görüp, dosyadaki bazı deliller için ATK'den rapor istenilmesine karar verdi. Mahkeme ayrıca tüm sanıkların 'yurt dışı çıkış yasağı' adli kontrol şartını kaldırarak, duruşmayı 9 Ekim'e erteledi.